故事讲述的是在近未来的某个时间,人们已经不生存在自然世界中,而是生活在Romdo(穹顶)里;人类不需要感情的存在,只要遵守秩序,就能成为良好市民,维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始,他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员,同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久,穹顶就发生了多起杀人事件,并有许多autoreiv被感染(autoreive为智能型机器人,有工作型、伴侣型、宠物型等等,所谓的感染即是被cogito侵蚀,简单来说就是产生了自我意识和情感),Re-I着手调查此事,新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间,Vincent的autoreiv感染死亡,并出现巨大的怪物追击他;Re-I在自己家中被怪物袭击,惊吓过度被送进医院。灰暗的画面,琐碎的情节,支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系;直到Vincent被当作违法者,而他又误会Re-I出卖了自己,心灰意冷之下,明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo用在旁人看来是自杀一样的方法。之后,故事出现了转机,令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。Vincent开始了寻找自我的旅行,虽然一开始他根本没意识到自己和别人有何不同,带着被感染的宠物型autoreiv Pino,被穹顶外的人们所救,和他们一起与企图消灭他们的机器战斗,惊喜地发现Re-I竟然来寻找自己,目击战斗中人们的死亡,让谎言变成现实。请活着的人送因为无法适应外界空气的Re-I回穹顶,而他,选择出走,带着Pino,乘着风船,那是一只不畏前途险恶的兔子。旅途中,Vincent遇到形形色色的被称作Proxy的人物,也逐渐明白自己亦是Proxy,不是人类,却不愿承认。Re-I为了揭开穹顶的秘密再次找到Vincent,带着困惑,带着可以杀死Proxy的武器。战战兢兢的,不是害怕被杀死却仍将武器还给Re-I的Vincent(男主),不是失去了自己的autoreiv和王子的美女姐姐(女主),也不是喜欢穿狐狸套装学会了快乐和难过的天真少女(Pino);战战兢兢的,是观众,揣摩着Vincent和Re-I若即若离的情感,猜测着Romdo的命运。当最后Pino一把抓住从崩坏的穹顶中跳下的Re-I时,悬着的心放下了一半;当Re-I笑着说要去接Vincent时,故事迎来了结局,和另一种意义上的开始
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